Emner: INF285 Genomikk, transkriptomikk og proteomikk - Høst 2018
Studiepoeng, omfang
10
Studienivå (studiesyklus)
Bachelor/master/ph.d.
Fulltid/deltid
Fulltid
Undervisningsspråk
Engelsk. Emnet undervisast på norsk dersom berre norskspråklege studentar meldar seg til emnet.
Undervisningssemester
Haust.
Mål og innhald
Emnet dekkjer grunnleggjande genomikk, transkriptomikk og proteomikk analyse. Dette inkluderar genom-vide analysar som genprediksjon, regulatoriske element, neste-generasjons sekvensering og analyse inkludert analyse av genomisk variasjon og ChIP-sekvensering og analyse. Vidare dekkjer emnet transkriptom-vide analyser som analyse av genuttrykk og spleise-variantar. Emnet dekkjer og grunnleggjande proteomikk ved bruk av masse-spektrometri og metodar for å analysere slike data.
Læringsutbyte
Studenten skal ved avslutta emne ha oppnådd følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:
- Forstå metodar og bruksområde for eit utval teknologiar brukt innan genomikk, transkriptomikk og proteomikk
- Forstå og kunne implementere og analysere algoritmar for analyse av resulterande data
- forstå og kunne forklare grunnleggjande statistikk som er relevant i genomikk, transkriptomikk og proteomikk studiar
- kunne implementere arbeidsflytar (en. work flows) for analyse av data frå genomikk, transkriptomikk og proteomikk forsøk og kunne anvende slike arbeidsflytar
Krav til forkunnskapar
INF281 Innføring i bioinformatisk sekvensanalyse
Tilrådde forkunnskapar
Kunne implementere grunnleggjande algoritmar i eit programmeringsspråk som ein veljar sjølv, samt vere erfaren med bruk av kommando-line Linux. Ein basal forståing for algoritmar og deira effektivitet er eit krav.
Studiepoengsreduksjon
INF282: 5 ECTS
Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet https://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet
Arbeids- og undervisningsformer
Førelesningar, 4 timar i veka
Gruppeøvingar, 2 timer i veka
Obligatorisk undervisningsaktivitet
Godkjente obligatoriske oppgåver.
Obligatoriske aktivitetar er gyldige to semester; det semesteret aktiviteten blir utført, samt det påfølgjande.
Vurderingsformer
Munnleg eksamen. Dersom det er fleire enn 20 studentar kan det bli skriftleg eksamen. Obligatoriske arbeidskrav inngår i vurderingsgrunnlaget for eksamen.
Hjelpemiddel til eksamen
Enkel kalkulator, i samsvar med modellar angjeve i fakultetet sine reglar, er tillate som hjelpemiddel under skriftleg eksamen.
Karakterskala
Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.
Vurderingssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.01. for vårsemesteret.
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Programansvarleg
Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.
Emneansvarleg
Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar
Administrativt ansvarleg
Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.
Kontaktinformasjon
Studierettleiar kan kontaktast her:
mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar
Tlf 55 58 42 00