Emner: INF281 Innføring i bioinformatisk sekvensanalyse - Høst 2017




Undervisningsspråk

Engelsk

Undervisningssemester

Vår.

Mål og innhald

Kurset dekkjer grunnleggjande sekvensanalyse i bioinformatikk, då særleg analyse av proteinsekvensar, runda av med ei dekking av RNA sekundær struktur-prediksjon for samanlikning. Emne som blir dekka er globale og lokale parvise samanstillingar, samanstillingar, av fleire sekvensar, stamtre, skåringsmatriser, søk i proteindatabaser, p- og e-verdiar, målingar av klassifiserings-ytelse, profilar, Skjulte/Gøymde Markov Modellar, sekvensmønster, og prediksjon av RNA sekundær struktur. Kurset inneheld óg ei gjennomgang av grunnleggjande emne innan molekylærbiologi.

Læringsutbyte

Ved slutten av kurset skal studenten vere i stand til å:
- Gjenge grunnleggjande fakta og resultat innan molekylærbiologi og evolusjon som er relevant til kurset, og å knytte dei saman med forskjellege algoritmar.
- Samanlikne tekniske aspekt ved algoritmar for parvise lokale og globale sekvenssamenstilling

- Samanlikne samenstilling av to og fleire sekvensar med omsyn til utfordringar og anvendingar.
- Gjennomgå mål for klassifiseringsytelse innanfor biologisk sekvensanalyse
- Kunne implementere grunnleggjande bioinformatikk-algoritmar.

Krav til forkunnskapar

Ingen

Tilrådde forkunnskapar

Studentane må vere istand til å implementere grunnleggjande algoritmar i eit programmeringsspråk som dei veljar sjølv. Ein basal forståing for algoritmar og deiras effektivitet er eit krav.

Krav til studierett

For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet http://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetethttp://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Godkjente obligatoriske oppgaver.

Obligatoriske aktiviteter er gyldige to semester, det semesteret aktiviteten foregår samt det påfølgjande.

Vurderingsformer

Skriftleg eksamen. Dersom det er færre enn 20 studentar kan det bli munnleg eksamen. Obligatoriske arbeidskrav inngår i vurderingsgrunnlaget for eksamen.

Hjelpemiddel til eksamen

Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler.

Karakterskala

Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.

Fagleg overlapp

INF280: 5 stp, INF282: 5 stp

Vurderingssemester

Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.

Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Programansvarleg

Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.

Kontaktinformasjon

Forelesar og Administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt ev studieveileder@ii.uib.no.