Emner: INF281 Innføring i bioinformatisk sekvensanalyse - Vår 2019

Studiepoeng

10.0

Studiepoeng, omfang

Studienivå (studiesyklus)

Bachelor/master

Fulltid/deltid

Fulltid

Undervisningsspråk

Engelsk. Emnet undervisast på norsk dersom berre norskspråklege studentar meldar seg til emnet.

Undervisningssemester

Vår. Siste gang vår 2019.

Mål og innhald

Emnet dekkjer grunnleggjande sekvensanalyse i bioinformatikk, då særleg analyse av proteinsekvensar. Emne som blir dekka er globale og lokale parvise samanstillingar, samanstillingar av fleire sekvensar, stamtre, skåringsmatriser, søk i proteindatabasar, p- og e-verdiar, målingar av klassifiserings-yting, profilar, skjulte Markov modellar og sekvensmønster. Emnet inneheld òg ein gjennomgang av grunnleggjande emne innan molekylærbiologi.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha oppnådd følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Forstå og kunne gje att grunnleggjande fakta og resultat innan molekylærbiologi og evolusjon, og å knytte dei saman med forskjellege algoritmar.
Kunne samanlikne tekniske aspekt ved algoritmar for parvise lokale og globale sekvenssamanstilling
Kunne samanlikne samanstilling av to eller fleire sekvensar med omsyn til algoritmar og køyretid og bruksområde.
Kunne bruke og forstå ulike mål for klassifiseringsyting innanfor biologisk sekvensanalyse
Kunne implementere og gjere praktisk bruk av grunnleggjande bioinformatikk-algoritmar.

Krav til forkunnskapar

Ingen

Tilrådde forkunnskapar

Kunne implementere grunnleggjande algoritmar i eit programmeringsspråk som ein veljar sjølv. Ein basal forståing for algoritmar og deira effektivitet er eit krav.

Studiepoengsreduksjon

INF280: 5 SP, INF282: 5 SP

Krav til studierett

For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet http://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet

Arbeids- og undervisningsformer

Førelesningar, 4 timar i veka

Gruppeøvingar, 2 timer i veka

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Godkjente obligatoriske oppgaver.

Obligatoriske aktiviteter er gyldige to semester, det semesteret aktiviteten foregår samt det påfølgjande.

Vurderingsformer

Skriftleg eksamen.

Obligatoriske arbeidskrav inngår i vurderingsgrunnlaget for eksamen.

Hjelpemiddel til eksamen

Enkel kalkulator, i samsvar med modellar angjeve i fakultetet sine reglar.

Karakterskala

Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.

Vurderingssemester

Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.

Litteraturliste

Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.

Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Programansvarleg

Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.

Emneansvarleg

Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar

Administrativt ansvarleg

Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.

Kontaktinformasjon

Studierettleiar kan kontaktast her:

mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar

Tlf 55 58 42 00