Emner: MOL204 Anvendt bioinformatikk I - Vår 2019
Undervisningsspråk
Engelsk
Undervisningssemester
Haust
Frist for å melda seg til undervising i emnet er torsdag veke 33 for haustsemesteret. Du får svar på Studentweb seinast tysdag veka etter om du har fått plass på emnet.
Første forelesning/orienteringsmøtet er obligatorisk,du mistar undervisingsplassen i emnet om du ikkje stiller denne dagen.
Tidspunkt for første forelesning/orienteringsmøtet finn du på timeplanen på nettsida til emnet eller på Mitt UiB.
Undervisningsstad
Bergen
Mål og innhald
Målet for emnet er å gje studentane kunnskap om og dugleik i bruk av bioinformatiske metodar som er sentrale i gjennomføring av molekylærbiologiske forskingsprosjekt. Emnet har hovudvekt på bioinformatikk knytt til utforsking av protein og omfattar analyse av sekvensar, databasesøk, sekvenssamanstilling, visualisering og analyse av proteinstrukturar og innføring i fylogenetiske analysar. Studentane får ei innføring i det teoretiske grunnlaget for nokre av nøkkelmetodane. Emnet gjev og ei innføring i DNA-sekvensiering og analyse av gen- og genomsekvensar, genuttrykking og systembiologi. Gjennom praktiske øvingar har emnet som mål å gje studentane grunnleggjande dugleik i bruk av bioinformatiske verktøy. Det vert lagt vekt på at studentane skal læra og forstå dei bioinformatiske verktøya i lys av sine molekylærbiologiske kunnskapar.
Læringsutbyte
Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:
Kunnskapar
Studenten
- Kan forklare kva type av data som er tilgjengeleg frå dei mest vanlege proteinsekvens- og strukturdatabasane (UniProt, GenBank, Protein Data Bank, CATH).
- Kan forklare teorien som ligg bak dei mest vanlege metodane for sekvenssøk og sekvenssamanstilling, og særskilt kjenner prinsippet og hovudtrinna for parvis og multippel sekvenssamanstilling.
- Kan forklare og er i stand til å anvende hovudtrinna i dynamisk programmering for enkle samanstillingar av korte sekvensar.
- Kan liste metodar for å vise struktur-funksjon samanheng i protein og kjenner dei underliggjande prinsippa.
- Kan forklare prinsippa for berekningsmetodar som nyttast til å føreseia sekundærstrukturelement frå proteinsekvensar, og modellering av tredimensjonale proteinstrukturar (homologimodellering, threading og andre metodar)
Ferdigheiter
Studenten er i stand til;
- å velje ut og nytte dei mest tenlege bioinformatiske sekvens- eller strukturdatabasane for å trekkje ut eller søkje data gitt eit spesifikt spørsmål i molekylærbiologi
- velje ut og nytte dei mest tenlege metodane for samanstilling av sekvensar, visualisering og analyse av proteinstrukturar, sekundærstrukturelement og modellering av proteinstrukturar frå sekvensar
Generell kompetanse
Studenten
- kan reflektere med bruk av kunnskap og ferdigheiter i bioinformatikk om eit gitt problem i molekylærbiologi kan tene på ein bioinformatisk tilnærming, og kva for metodar som i så fall vil vere tenlege
- kan i møte med ein ny nettbasert reiskap, få ei generell forståing av dei underliggjande prinsippa ved å bruke teoretisk kunnskap om dei mest nytta bioinformatiske metodane
Krav til forkunnskapar
MOL100 eller tilsvarande
Tilrådde forkunnskapar
MOL200 eller tilsvarande.
Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet, samt at du oppfyller ev opptakskrav
Obligatorisk undervisningsaktivitet
Førelesningar, øvingar og godkjende oppgåver.
Vurderingsformer
Skriftleg eksamen, 4 timar. Eventuelt munnleg eksamen avhengig av talet på studentar.
Tillatne hjelpemiddel: Enkel kalkulator i samsvar med modell oppført i fakultetets reglar
Karakterskala
Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.
Fagleg overlapp
Vurderingssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Kontaktinformasjon
Studierettleiar ved Institutt for Biovitenskap, studie@bio.uib.no