Undervist for fyrste gong våren 2020

Emnet gir en innføring til fagfeltet bioinformatikk inkludert sentrale konsept og algoritmer, utviklingen av feltet historisk, anvendelser og relevante etiske betraktninger. Emnet inkluderer grunnleggende metoder for analyse av biologiske sekvenser og relaterte verktøy og databaser. Tema som dekkes er global og lokal parvis sammenstilling, skåringsmatriser, sekvens-søk i databaser, p- og e-verdier og mål for ytelsesmål for klassifikasjoner. I emnet går vi også gjennom relevante tema innen molekylærbiologi og spesielt konsept som genom og gener. Emnet gir også en innføring i "genome-browsere" og sentrale biologiske data- og kunnskapsbaser.

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten skal:

• Ha ein generell forståing av sentrale tema og konsept innan bioinformatikk
• Forstå algoritmar for samanstilling av biologiske sekvensar ved bruk av dynamisk programmering
• Forstå og vere i strand til å forklara grunnleggande molekylærbiologi og evolusjon relevant for sekvens-samanstilling og relatera dei med dei respektive algoritmane
• Vere i stand til å samanlikne tekniske aspekt ved algoritmar for parvis lokal og global samanstilling
• Ha ein grunnleggande forståing av genom og korleis ein "genome browser" kan brukas for å representere og utforske genom-nivå data
• Kjenne prinsippa og eksemplar på biologiske databaser og kunnskapsbaser
• Kjenne algoritmane som ligger bak sekvenssøk, spesielt BLAST
• Vere i stand til å programmere grunnleggande algoritmar innan bioinformatikk og til å bruka slike algoritmar til å analysere konkrete data
• Vere i stand til å bruke og forstå ulike mål for klassifikasjonsytelse i samanheng med biologisk sekvens-analyse
• Ha ein grunnleggande forståing for ulike anvendelsesområder for bioinformatikk og være klar over relaterte etiske aspekt

Ferdigheiter

Studenten kan

• Bruke utvalt bioinformatiske databaser, "genome browsere" og verktøy på en kunnskapsbasert måte
• Sette opp script for å utføre enkle analyse "pipelines"

Generell kompetanse

Studenten beherskar

• Kompetansen for å arbeide i tverrfaglige grupper for å adressere biologiske spørsmål med bruk av datamaskin

Emnet gis som førelesningar og studentøvingar

Førelesningar, 2 timar per uke

Studentøvingar, 4 timer per uke

I emnet nyttar ein følgjande vurderingsformer:

• Obligatorisk aktivitetar , utgjer 30 % av karakteren.
• Skriftleg eksamen (3 timar), utgjer 70% av karakteren.

Dei obligatoriske arbeidskrava må vere godkjende før ein kan gå opp til eksamen.

Grunna tiltaka mot spreiing av SARS-CoV-2 er UiB stengd for undervising og gjennomføring av campus-eksamen. Våren 2020 er det følgande endringar i vurdering i emnet:

• Skriftleg eksamen heime i staden for skriftleg skuleeksamen

Studierettleiar kan kontaktast her:

mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar

Tlf 55 58 42 00