Emner: BINF301 Genom-skala algoritmar - Høst 2020
Studienivå (studiesyklus)
Master
Undervisningsspråk
Engelsk. Emnet kan undervisast på norsk dersom berre norskspråklege studentar meldar seg til emnet.
Undervisningssemester
Vår. Undervist fyrste gong vår 2020.
Mål og innhald
Undervist for fyrste gong våren 2020
Emnet dekker avanserte algoritmar brukt for analysere biologiske sekvensar med fokus på spesialiserte algoritmar for å analysere data produsert av høy-kapasitets teknologiar. Emnet inkluderer bruk av indekserings-baserte metodar og relaterte data-strukturer som de-Bruijn-grafer, Burrows-Wheeler transformasjon og relaterte algoritmar. Emnet inkluderer også bruk av slike metodar i "de-novo assembly", analyser av DNA re-sekvenseringsdata og en rekke andre anvendelser inkludert ChIP-seq, ATAC-seq og bisulfitt-sekvensering. Emnet inkluderer også metodar for analyse av data frå tredje-generasjons sekvenseringsteknologi som gir lange avlesingar og teknologi for sekvensering av molekyler frå enkelt-celler.
Læringsutbyte
Kunnskapar, ferdigheter og generell kompetanse
Studenten
- Forstår og er i stand til å implementere algoritmar for analyse av høy-kapasitets sekvenseringsdata inkludert "de novo assembly", de-Bruij-gafer, Burrows-Wheeler samanstilling
- Forstår og er i stand til å utforme og velge tilnærming for å analysere data frå fleire anvendelser av sekvensering slik som ChIP-seq, ATAC-seq.
- Ha en generell forståing for tredje-generasjons teknologiar for sekvensering og for dataene disse produserer
Krav til forkunnskapar
INF100
Tilrådde forkunnskapar
Vere i stand til å implementere enkle algoritmar i eit programmeringsspråk ein veljar sjølv. Ein grunnleggande forståing for algoritmar og effektiviteten deira samt statistikk er naudsynt.
God bakgrunn innan algoritmar er anbefalt, tilsvarande minst INF102. I tillegg er ein god bakgrunn innan bioinformatikk anbefalt, tilsvarande BINF100, BINF200, BINF201.
Studiepoengsreduksjon
Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om at du har ein studierett knytt til eit masterprogram/ ved Det matematisk-naturvitskaplege fakultet eller ph.d.-utdanninga. http://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet
Arbeids- og undervisningsformer
Undervisninga gis i form av førelesningar og studentøvingar
Førelesningar, 4 timar per uke
Studentøvingar, 2 timar per uke
Obligatorisk undervisningsaktivitet
Godkjent obligatorisk aktivitet er gyldig i 1 påfølgande semester etter godkjenninga.
Vurderingsformer
I emnet nyttar ein følgjande vurderingsformer:
- Studentøvingar, utgjer 50 % av karakteren.
- Grunna koronavirus situasjonen vert eksamen våren 2020 gjennomført som digital munnleg eksamen, utgjer 50% av karakteren.
Dei obligatoriske arbeidskrava må vere godkjende før ein kan gå opp til eksamen.
Hjelpemiddel til eksamen
Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler
Karakterskala
Karakterskalaen A-F blir nytta.
Vurderingssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Programansvarleg
Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.
Emneansvarleg
Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar
Administrativt ansvarleg
Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.
Kontaktinformasjon
Studierettleiar kan kontaktast her:
mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar
Tlf 55 58 42 00