Emner: BINF100 Grunnleggende bioinformatikk - Vår 2021
Studiepoeng
10.0Studiepoeng, omfang
10
Studienivå (studiesyklus)
Bachelor
Fulltid/deltid
Fulltid
Undervisningsspråk
Norsk
Undervisningssemester
Vår.
Mål og innhald
Emnet gir en innføring til fagfeltet bioinformatikk inkludert sentrale konsept og algoritmer, utviklingen av feltet historisk, anvendelser og relevante etiske betraktninger. Emnet inkluderer grunnleggende metoder for analyse av biologiske sekvenser og relaterte verktøy og databaser. Tema som dekkes er global og lokal parvis sammenstilling, skåringsmatriser, sekvens-søk i databaser, p- og e-verdier og mål for ytelsesmål for klassifikasjoner. I emnet går vi også gjennom relevante tema innen molekylærbiologi og spesielt konsept som genom og gener. Emnet gir også en innføring i "genome-browsere" og sentrale biologiske data- og kunnskapsbaser.
Læringsutbyte
Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:
Kunnskapar
Studenten skal:
- Ha ein generell forståing av sentrale tema og konsept innan bioinformatikk
- Forstå algoritmar for samanstilling av biologiske sekvensar ved bruk av dynamisk programmering
- Forstå og vere i strand til å forklara grunnleggande molekylærbiologi og evolusjon relevant for sekvens-samanstilling og relatera dei med dei respektive algoritmane
- Vere i stand til å samanlikne tekniske aspekt ved algoritmar for parvis lokal og global samanstilling
- Ha ein grunnleggande forståing av genom og korleis ein "genome browser" kan brukas for å representere og utforske genom-nivå data
- Kjenne prinsippa og eksemplar på biologiske databaser og kunnskapsbaser
- Kjenne algoritmane som ligger bak sekvenssøk, spesielt BLAST
- Vere i stand til å programmere grunnleggande algoritmar innan bioinformatikk og til å bruka slike algoritmar til å analysere konkrete data
- Vere i stand til å bruke og forstå ulike mål for klassifikasjonsytelse i samanheng med biologisk sekvens-analyse
- Ha ein grunnleggande forståing for ulike anvendelsesområder for bioinformatikk og være klar over relaterte etiske aspekt
Ferdigheiter
Studenten kan
- Bruke utvalt bioinformatiske databaser, "genome browsere" og verktøy på en kunnskapsbasert måte
- Sette opp script for å utføre enkle analyse "pipelines"
Generell kompetanse
Studenten beherskar
- Kompetansen for å arbeide i tverrfaglige grupper for å adressere biologiske spørsmål med bruk av datamaskin
Krav til forkunnskapar
Ingen
Tilrådde forkunnskapar
INF100. Vere i stand til å implementere enkle algoritmar i et selvvalgt programmeringsspråk. En grunnleggande forståing for kva en algoritme er og algoritmars effektivitet. Det anbefalast å ha noko kunnskap i molekylærbiologi og statistikk.
Studiepoengsreduksjon
INF281: 5 studiepoeng
Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet http://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet
Arbeids- og undervisningsformer
Emnet gis som førelesningar og studentøvingar
Førelesningar, 2 timar per uke
Studentøvingar, 4 timer per uke
Obligatorisk undervisningsaktivitet
Godkjent obligatorisk aktivitet er gyldig i eit påfølgande semester etter godkjenninga.
Vurderingsformer
I emnet nyttar ein følgjande vurderingsformer:
- Obligatorisk aktivitetar , utgjer 30 % av karakteren.
- Skriftleg eksamen (3 timar), utgjer 70% av karakteren.
Dei obligatoriske arbeidskrava må vere godkjende før ein kan gå opp til eksamen.
Våren 2021 er det følgande endringar i vurdering i emnet:
- Skriftleg digital skuleeksamen heime i staden for skriftleg skuleeksamen på campus
Hjelpemiddel til eksamen
Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler
Karakterskala
Karakterskalaen A-F blir nytta.
Vurderingssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Programansvarleg
Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.
Emneansvarleg
Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar
Administrativt ansvarleg
Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.
Kontaktinformasjon
Studierettleiar kan kontaktast her:
mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar
Tlf 55 58 42 00