Emner: BINF200 Analyse av biologiske sekvenser og strukturer - Høst 2021
Studiepoeng
10.0Studiepoeng, omfang
10
Studienivå (studiesyklus)
Bachelor
Fulltid/deltid
Fulltid
Undervisningsspråk
Engelsk.Norsk om kun norskspråklege studentar deltek
Undervisningssemester
Haust.
Mål og innhald
Emnet gjev ein innføring i metodar for å analysere biologiske sekvensar, utover parvis samanstilling, og for prediksjon og analyse av RNA- og protein-struktur. Sekvens-baserte metodar inkluderer multippel sekvens-samanstilling, estimering av fylogenetiske trær, oppdaging og deteksjon av sekvens-motiv, bruk av skjulte Markov-modeller i sekvens-analyse og gen-prediksjon. Struktur-baserte metodar inkluderer prediksjon av sekundær-struktur i RNA og i proteiner og samanstilling av RNA- og protein-strukturer. Emnet fokuserer på algoritmar og metodar, men innehelder også praktiske anvendelser og relevante verktøy og databaser.
Læringsutbyte
Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:
Kunnskapar
Studenten skal
- Forstå og være i stand til å implementere algoritmar for å sammenstille eit sett med biologiske sekvensar
- Forstå og være i stand til å forklare metodar for estimering av fylogenetiske trær
- Forstå og være i stand til å implementere metodar for oppdaging og deteksjon av motiver i biologiske sekvensar
- Forstå og være i stand til å bruke skjulte Markov-modeller for å analysere biologiske sekvensar
- Forstå hoved-tilnærmingene til gen-prediksjon og vere i stand til å implementere og bruke et utval av konkrete algoritmar for det same
- Forstå representasjonar og format for skildring av RNA- og protein-strukturar
- Forstå hoved-tilnærmingene til prediksjon av sekundær-strukturer i RNA og protein og være i stand til å implementere og bruke utvalt algoritmar for det same
Ferdigheiter
Studenten kan
- Velja og bruka passande verktøy på reelle biologiske data og tolke resulterande ut-data
- Implementere og tilpasse algoritmar for å analysere sekvensar og for å predikere og samanlikne strukturer
Generell kompetanse
Studenten kan
- Arbeid i tverrfaglege gruppa for å adressera biologiske spørsmål ved bruk av datamaskin
Krav til forkunnskapar
INF100
Tilrådde forkunnskapar
BINF100 eller tilsvarande bakgrunn i bioinformatikk og molekylærbiologi. Vere i stand til å implementere enkle algoritmar i eit programmeringsspråk ein veljar sjølv. Ein grunnleggande forståing av algoritmar og effektiviteten deira er naudsynt. Eit emne i grunnleggande statistikk er sterkt anbefalt.
Studiepoengsreduksjon
INF281: 5 studiepoeng
Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet http://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet
Arbeids- og undervisningsformer
Undervisninga gis i form av førelesningar og studentøvingar
Førelesningar, 4 timar per uke
Studentøvingar, 2 timar per uke
Obligatorisk undervisningsaktivitet
Godkjent obligatorisk aktivitet er gyldig i 1 påfølgande semester etter godkjenninga
Vurderingsformer
I emnet nyttar ein følgjande vurderingsformer:
- studentøvingar, utgjer 30 % av karakteren.
- Skriftleg eksamen (3 timar), utgjer 70% av karakteren.
Dei obligatoriske arbeidskrava må vere godkjende før ein kan gå opp til eksamen.
Hjelpemiddel til eksamen
Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler
Karakterskala
Karakterskalaen A-F blir nytta.
Vurderingssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Programansvarleg
Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.
Emneansvarleg
Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar
Administrativt ansvarleg
Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.
Kontaktinformasjon
Studierettleiar kan kontaktast her:
mailto:studieveileder@ii.uib.nostudierettleiar
Tlf 55 58 42 00