Emner: MOL204 Anvendt bioinformatikk - Vår 2022
Studiepoeng, omfang
10 studiepoeng
Studienivå (studiesyklus)
Bachelor
Undervisningsspråk
Engelsk
Undervisningssemester
Haust. Emnet har eit avgrensa tall på plassar og inngår i undervisningsopptaket.
Meir informasjon: http://www.uib.no/matnat/utdanning/studiehverdag/undervisningsopptakethttp://www.uib.no/matnat/utdanning/studiehverdag/undervisningsopptaket
Frist for å melda seg til undervising i emnet er onsdag veke 33 for haustsemesteret. Du får svar på Studentweb seinast tysdag veka etter om du har fått plass på emnet.
Første forelesning/orienteringsmøtet er obligatorisk,du mistar undervisingsplassen i emnet om du ikkje stiller denne dagen.
Tidspunkt for første forelesning/orienteringsmøtet finn du på timeplanen på nettsida til emnet eller på Mitt UiB.
Undervisningsstad
Bergen
Mål og innhald
Emnet gir en innføring i bruk av bioinformatikkverktøy, inkludert analyse av proteinsekvenser, søk i databaser, parvise og mutiple sekvens alignments, fylogenetiske trær, visualisering og analyse av proteinstrukturer. Det teoretiske grunnlaget for utvalgte metoder, for eksempel dynamisk programmering, studeres i detalj. Emnet består av forelesninger, øvelser og PC-lab.
Læringsutbyte
Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:
Kunnskapar
Studenten
- Kan forklare kva type av data som er tilgjengeleg frå dei mest vanlege proteinsekvens- og strukturdatabasane (UniProt, GenBank, Protein Data Bank, CATH).
- Kan forklare teorien som ligg bak dei mest vanlege metodane for sekvenssøk og sekvenssamanstilling, og særskilt kjenner prinsippet og hovudtrinna for parvis og multippel sekvenssamanstilling.
- Kan forklare og er i stand til å anvende hovudtrinna i dynamisk programmering for enkle samanstillingar av korte sekvensar.
- Kan forklare prinsipper bak rekonstruksjon og tolkning av fylogenetiske trær.
- Kan liste metodar for å vise struktur-funksjon samanheng i protein og kjenner dei underliggjande prinsippa.
- Kan forklare de viktigste fordeler og begrensinger ved berekningsmetodar som nyttast til å føreseia sekundærstrukturelement og 3D strukturar frå proteinsekvensar.
Ferdigheiter
Studenten er i stand til;
- å velje ut og nytte dei mest tenlege bioinformatiske sekvens- eller strukturdatabasane for å trekkje ut eller søkje data gitt eit spesifikt spørsmål i molekylærbiologi
- velje ut og nytte dei mest tenlege metodane for samanstilling av sekvensar, rekonstruksjon av evolusjonært slektskap, visualisering og analyse av proteinstrukturar.
Generell kompetanse
Studenten
- kan reflektere med bruk av kunnskap og ferdigheiter i bioinformatikk om eit gitt problem i molekylærbiologi kan tene på ein bioinformatisk tilnærming, og kva for metodar som i så fall vil vere tenlege
- kan i møte med ein ny nettbasert reiskap, få ei generell forståing av dei underliggjande prinsippa ved å bruke teoretisk kunnskap om dei mest nytta bioinformatiske metodane
Krav til forkunnskapar
MOL100 eller tilsvarande
Tilrådde forkunnskapar
MOL200 eller tilsvarande.
Studiepoengsreduksjon
BINF100 (frå haust 2022): 5 sp
KB207: 10 Sp
Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet, samt at du oppfyller ev opptakskrav
Arbeids- og undervisningsformer
.
Obligatorisk undervisningsaktivitet
Førelesningar, øvingar og godkjende oppgåver.
Gjennomførte aktivitetar er gyldig i seks semester (undervisningssemesteret og dei fem påfølgande semestra). All obligatorisk aktivitet må vere godkjend før ein kan ta eksamen.
Vurderingsformer
Skriftleg eksamen, 4 timar. Eventuelt munnleg eksamen avhengig av talet på studentar.
Tillatne hjelpemiddel: Enkel kalkulator i samsvar med modell oppført i fakultetets reglar
Hjelpemiddel til eksamen
Ingen
Karakterskala
Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.
Vurderingssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Programansvarleg
Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studeprogrammet og alle emna der.
Emneansvarleg
Administrativt ansvarleg
Det matematisk-naturvitskaplege fakultet ved institutt for biovitskap har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.
Kontaktinformasjon
Studierettleiar ved Institutt for Biovitenskap, studie@bio.uib.no